Sejarah berdirinya PT PELNI dimulai dengan dikeluarkannya Surat Keputusan Bersama (SKB) antara Menteri Perhubungan dan Menteri Pekerjaan Umum pada tanggal 5 September 1950 yang berisi tentang Pendirian Yayasan Pusat Pengendalian Kapal (PEPUSKA).